| 152 | Een snoer van klanken: Honderd grootse componisten door de geschiedenis heen | Soesterberg: Aspekt (in voorbereiding) |
| 151 | Leren praten met God | Heerenveen: Medema (in druk) |
| 150 | De glorie van God: Ontwerp van een godsleer en van een theologische vakfilosofie | Heerenveen: Medema (in druk) |
| 149 | Joden en christenen: Overeenkomsten en verschillen (met rabbijn Lody van de Kamp) | Heerenveen: Medema (in druk) |
| 148 | Een snoer van vrouwen: Honderd grootse vrouwen door de geschiedenis heen | Soesterberg: Aspekt 2012 |
| 147 | Het Woord van God: Ontwerp van een openbarings- en schriftleer | Heerenveen: Medema 2012d |
| 146 | Omgaan met olifanten: Tien bezinningen op vijf brandende onderwerpen (nawoord en evaluatie) | Heerenveen: Medema 2012c |
| 145 | Vijf nijlpaarden in het kippenhok: Nieuwe brandende onderwerpen waarover christenen verdeeld zijn | Heerenveen: Medema 2012b |
| 144 | De toekomst van God: Ontwerp van een eschatologie | Heerenveen: Medema 2012a |
| 143 | 'Du bist ungerecht' (Hiob) | Lychen: Daniel-Verlag 2011f. |
| 142 | Gereformeerden en evangelischen: Overeenkomsten en verschillen na tweehonderd jaar Hervorming (met dr. Jan Hoek) | Heerenveen: Medema 2011e. |
| 141 | Zegen en vloek | Harderwijk: Rock Publ./Highway Media 2011d. |
| 140 | Meer dan redding alleen: Het ultieme plan van God | Harderwijk: Rock Publ./Highway Media 2011c. |
| 139 | Het verbond en het koninkrijk van God: Ontwerp van een verbonds-, doop- en koninkrijksleer | Heerenveen: Medema 2011b. |
| 138 | De Kerk van God (II): Ontwerp van een historische en praktische ecclesiologie | Heerenveen: Medema 2011a. |
| 137 | Eerst Gods koninkrijk | Heerenveen: Medema 2010e. |
| 136 | Rome en Reformatie: Overeenkomsten en verschillen na vijfhonderd jaar Hervorming (met mgr. dr. Gerard de Korte) | Heerenveen: Medema 2010d. |
| 135 | De Kerk van God (I): Ontwerp van een elementaire ecclesiologie | Heerenveen: Medema 2010c. |
| 134 | Komt er een Grote Opwekking? | Harderwijk: Rock Publ./Highway Media 2010b. |
| 133 | Het heil van God: Ontwerp van een soteriologie | Heerenveen: Medema 2010a. |
| 132 | Vijf olifanten in een porseleinkast: Vijf brandende onderwerpen waarover christenen verdeeld zijn | Heerenveen: Medema 2009d. |
| 131 | Hoe word ik vervuld met de Heilige Geest? | Harderwijk: Rock Publ./Highway Media 2009c. |
| 130 | Het zoenoffer van God: Ontwerp van een verzoeningsleer | Vaassen: Medema 2009b. |
| 129 | Vallen in de Geest | Harderwijk: Rock Publ./Highway Media 2009a. |
| 128 | Geloof, zekerheid, groei (bewerking van nr. 83 en 90) | Vaassen: Medema 2008c. |
| 127 | Het plan van God: Ontwerp van een voorbeschikkingsleer | Vaassen: Medema 2008b. |
| 126 | De schepping van God: Ontwerp van een scheppings-, mens- en zondeleer | Vaassen: Medema 2008a. |
| 125 | De Christus van God: Ontwerp van een christologie | Vaassen: Medema 2007b. |
| 124 | De Geest van God: Ontwerp van een pneumatologie | Vaassen: Medema 2007a. |
| 123 | De Vrouwe van de Camino (roman) | Heerenveen: Barnabas 2006b. |
| 122 | Seks in de kerk | Vaassen: Medema 2006a. |
| 121 | Sta op, laat je dopen | Vaassen: Medema 2005d. |
| 120 | De hugenoten van de Vivarais, dl. 2: Een veldhoen op de bergen (roman) | Heerenveen: Barnabas 2005c. |
| 119 | Ouweneel en Jongeneel: Twee Zevenhuizense zusterfamilies | eigen uitgave 2005b. |
| 118 | De God die is, of: Waarom ik geen atheïst ben | Vaassen: Medema 2005a. |
| 117 | Naar bed zonder boterbriefje? | Brunssum: G.H. Kramer 2004d. |
| 116 | Meer Géést in de gemeenten | Vaassen: Medema 2004c. |
| 115 | W. Shakespeare: De tragedie van Hamlet, prins van Denemarken (vertaald, ingeleid en geannoteerd door Willem J. Ouweneel) | Soesterberg: Aspekt 2004b. |
| 114 | Jezus volgen: Oude en nieuwe schatten uit Gods Woord | Vaassen: Medema 2004a. |
| 113 | ‘Geneest de zieken!’: Over de bijbelse leer van ziekte, genezing en bevrijding | Vaassen: Medema 2003b (ook in het Duits). |
| 112 | F.M. Dostojevski: De groot-inquisiteur: Christus door de Kerk verworpen (geredigeerd en becommentarieerd door Willem J. Ouweneel) | Soesterberg: Aspekt 2003a. |
| 111 | Het Godsgetal (roman) | Soesterberg: Aspekt 2002c. |
| 110 | De ‘Vergadering van Gelovigen’ (serie Wegwijs) | Kampen: Kok 2002b. |
| 109 | Israël en de Palestijn en: Waarheid en misleiding | Heerenveen: Barnabas 2002a. |
| 108 | ‘Hoe lief heb ik uw wet!’: De Eeuwige Torah tussen Oude en Nieuwe Verbond | Vaassen: Medema 2001b. |
| 107 | Hoogtijden voor Hem: De bijbelse feesten en hun betekenis voor Joden en christenen | Vaassen: Medema 2001a. |
| 106 | Het Jobslijden van Israël: Israëls lijden oplichtend uit het boek Job | Vaassen: Medema 2000d. |
| 105 | Eredienst 24h (met H.P. Medema) (Betteld-reeks 6) | Stg. Betteld-Conferentie 2000c. |
| 104 | De zesde kanteling: Christus en 5000 jaar denkgeschiedenis: Religie en metafysica in het jaar 2000 (Metahistorische trilogie, dl. 3) | Heerenveen: Barnabas 2000b. |
| 103 | Verwachting (serie Geloofsleven dl. 6) | Vaassen: Medema 2000a. |
| 102 | Jeruzalem, de stad van de grote Koning | Vaassen: Medema 1999e (herziene editie van nr. 23). |
| 101 | Heiliging (serie Geloofsleven dl. 5) | Vaassen: Medema 1999d. |
| 100 | Neemt, eet: De maaltijd van de Heer | Vaassen: Medema 1999c (uitbreiding van nr. 57). |
| 99 | Geloven in Gods gezin (met H.P. Medema) (Betteld-reeks 5) | Stg. Betteld-Conferentie 1999b. |
| 98 | De schatkamer van God | Vaassen: Medema 1999a. |
| 97 | Natuurwetenskap: ’n moderne godsdiens? Kan dit Christelik beoefen word? | Potchefstroom: PU vir CHO 1998g (Wetenskaplike bydraes van die Potchefstroomse Universiteit vir Christelike Hoër Onderwys F1, nr. 365). |
| 96 | Geestelijke strijd (serie Geloofsleven dl. 4) | Vaassen: Medema 1998f. |
| 95 | De zevende koningin: Het eeuwig vrouwelijke en de raad van God (Metahistorische trilogie, dl. 2) | Heerenveen: Barnabas 1998e. |
| 94 | Nachtboek van de ziel | Vaassen: Medema 1998d. |
| 93 | Dromen, ontwerpen, bouwen (met H.P. Medema & D. Steenhuis) (Betteld-reeks 4) | Stg. Betteld-Conferentie 1998c. |
| 92 | Vrouwen, ambt en dienst: Gesprek tussen verschillende visies op basis van de Schrift (met anderen) | Heerenveen: Barnabas 1998b. |
| 91 | Discipelschap (serie Geloofsleven dl. 3) | Vaassen: Medema 1998a. |
| 90 | Geestelijke groei (serie Geloofsleven dl. 2) | Vaassen: Medema 1997d. |
| 89 | De vrijheid van de Geest: Bijbelstudies bij de Brief van Paulus aan de Galaten | Vaassen: Medema 1997c (ook in het Duits). |
| 88 | Veranderen om hetzelfde te blijven (met H.P. Medema & D. Steenhuis) (Betteld-reeks 3) | Stg. Betteld-Conferentie 1997b (ook in het Duits). |
| 87 | Wijs met de wetenschap: Inleiding tot een christelijke wetenschapsleer | Leiden: Barnabas 1997a. |
| 86 | ‘Vergadering van gelovigen’ - waarheen?, in: Jaarboek voor de geschiedenis van het Nederlands Protestantisme na 1800, jg. 4 | Kampen: Kok1996e (ook als brochure). |
| 85 | Hoedt de kudde van God (met H.P. Medema & D. Steenhuis) (Betteld-reeks 2) | Stg. Betteld-Conferentie 1996d (ook in het Duits). |
| 84 | Geschiedenis van de christelijke muziek, door A. Wilson-Dickson (red. Ned. uitg.: WJO) | Kampen: Kok 1996c. |
| 83 | Geloofszekerheid (serie Geloofsleven dl. 1) | Vaassen: Medema 1996b. |
| 82 | De negende Koning: Het laatste van de hemelrijken: De triomf van Christus over de machten (Metahistorische trilogie, dl. 1) | Leiden: Barnabas 1996a. |
| 81 | Filadelfia & Laodicea (door Watchman Nee, ingeleid en toegelicht door W.J.O.) | Vaassen: Medema 1995c (ook in het Duits). |
| 80 | Met alle heiligen (met H.P. Medema & D. Steenhuis) (Betteld-reeks 1) | eigen uitgave 1995b (ook in het Duits). |
| 79 | Regem habemus: Het Koninkrijk Gods en de staat | Nunspeet: Marnix van St. Aldegonde Stg 1995a. |
| 78 | Jouw leven en het occulte | Vaassen: Medema 1994d. |
| 77 | Mythos Wissenschaft: Ein Blick hinter den Kulissen | Bielefeld: CLV 1994c. |
| 76 | Godsverlichting: De evocatie van de verduisterde God - Een weg tot spiritualiteit en gemeenteopbouw | Amsterdam: Buijten & Schipperheijn 1994b. |
| 75 | Bach, Mattheüs en het drama | Kampen: Kok 1994a. |
| 74 | Gladbecker Gespräche (met D. Boddenberg) | Mettmann/De Bilt: eigen uitgave 1993d. |
| 73 | Mijmeringen (televisiecolumns) | Kampen: Kok 1993c (ook in het Duits). |
| 72 | Ende gut - alle(s) gut? | Bielefeld: CLV 1993b (ook in het Ned.: Alverzoening, Vaassen: Medema 1995). |
| 71 | A Critical Analysis of the Internal and External Prolegomena of Systematic Theology Theologisch proefschriftBloemfontein: Universiteit van die Oranje-Vrystaat 1993a; uitg. dl. 1: Christian Doctrine: I. The External Prolegomena |
Amsterdam: Buijten & Schipperheijn 1995; vanaf 1997: Heverlee: Bijbelinstituut België |
| 70 | Natuurwetenskap en natuurbeskouing | Potchefstroom: PU vir CHO 1992d. |
| 69 | Wetenskap en wêreldbeskouing (met J.C. Geertsema & C.J. Reinecke) | Potchefstroom: PU vir CHO 1992c (heruitg. 1996: Wetenskapsleer vir natuurwetenskappe, farmasie, ingenieurswese). |
| 68 | Paranormale, okkulte en demoniese verskynsels | Potchefstroom: PU vir CHO 1992b (Wetenskaplike bydraes van die Potchefstroomse Universiteit vir Christelike Hoër Onderwys F1, nr. 293). |
| 67 | Okkultisme | Potchefstroom: PU vir CHO 1992a. |
| 66 | Een in de naam van Jezus: Bijbelse beginselen waar de ‘Broeders’ voor staan (red.: J.G. Fijnvandraat, H.P. Medema &W.J.O.) | Vaassen: Medema 1991b. |
| 65 | Israël en de Kerk, oftewel: Eén of twee volken van God? Confrontatie van de verbondsleer en de bedelingenleer | Vaassen: Medema 1991a. |
| 64 | De Openbaring van Jezus Christus: Bijbelstudies over het boek Openbaring, dl. 2 | Vaassen: Medema 1990 (ook in het Duits). |
| 63 | Die Bybel in die wetenskap | Potchefstroom: PU vir CHO 1989b. |
| 62 | De kleine kudde (roman) | Amsterdam: Buijten & Schipperheijn 1989a; grondig herzien 2005: De hugenoten van de Vivarais, dl. I: De kleine kudde. Heerenveen: Barnabas. |
| 61 | De Openbaring van Jezus Christus: Bijbelstudies over het boek Openbaring, dl. 1 | Vaassen: Medema 1988 (ook in het Duits). |
| 60 | De macht van het sciëntisme | Potchefstroom: PU vir CHO 1987d. |
| 59 | Echtscheiding en hertrouwen (met H.P. Medema) | Vaassen: Medema 1987c (ook in het Duits). |
| 58 | De Maaltijd des Heren | Vaassen: Medema 1987b (ook in het Duits). |
| 57 | Woord en wetenschap: Wetenschapsbeoefening aan de Evangelische Hogeschool | Amsterdam: Buijten & Schipperheijn 1987a. |
| 56 | Die zehn Plagen über Ägypten | Neustadt: Paulus Verlag 1986d (ook in het Ned.: Laat mijn volk gaan’: De tien plagen over Egypte en Gods gerichten over de Westerse wereld, Vaassen: Medema 1989). |
| 55 | L’Apocalypse: Révélation de Jésus Christ | Valence: Bibles et Publications Chrétiennes 1986c. |
| 54 | Het ontstaan van het Christendom (red.: W.J.J. Glashouwer) | Hilversum: Evangelische Omroep 1986b. |
| 53 | De leer van de mens | Amsterdam: Buijten & Schipperheijn 1986a (handelsuitgave wijsgerig proefschrift Amsterdam: Vrije Universiteit). |
| 52 | Okkultismus und östliche Mystik | Amtzell/Allgäu: Schwengeler Verlag 1985c. |
| 51 | Het boek Jona | Alblasserdam: Stg. Boeken bij de Bijbel 1985b (2e druk 1989: De profeet Jona). |
| 50 | ‘Een is uw Meester’: Hoofdstukken uit de geschiedenis van de ‘Broeders’ | Vaassen: Medema 1985a. |
| 49 | Engagement and Marriage | Norfolk, Virg.: Jachin 1984d. |
| 48 | Evolution in der Zeitenwende | Neuhausen-Stuttgart: Verlag Wort und Wissen 1984c. |
| 47 | Psychologie: Een christelijke kijk op het mentale leven | Amsterdam: Buijten & Schipperheijn 1984b (ook in het Duits). |
| 46 | Hart en ziel: Een christelijke kijk op de psychologie | Amsterdam: Buijten & Schipperheijn 1984a (ook in het Duits). |
| 45 | Het Nieuwe Testament: Herziene Voorhoeve-uitgave (met J. Klein Haneveld, G.H. Kramer & H.P. Medema) | Vaassen: Medema 1982d. |
| 44 | ‘Wij zien Jezus’: Bijbelstudies over de brief aan de Hebreeën, dl. 2 | Vaassen: Medema 1982c (ook in het Duits) |
| 43 | ‘Wij zien Jezus’: Bijbelstudies over de brief aan de Hebreeën, dl. 1 | Vaassen: Medema 1982b (ook in het Duits). |
| 42 | Het ontstaan van Israël (met V.I. Kerkhof) (red.: W.J.J. Glashouwer) | Hilversum: Evangelische Omroep 1982a (ook in het Duits). |
| 41 | De jaren ’80 en daarna...: Dr. W.J. Ouweneel in gesprek met vier ‘insiders’ (prof.dr. A.E. Wilder Smith, dr. Fr. Schaeffer, dr. Everett Koop & Bishop Festo Kivengere) | Hilversum: Evangelische Omroep 1981d. |
| 40 | Glaube und Werke: Eine Auslegung des Jakobusbriefes | Schwelm: Heijkoop Verlag 1981c. |
| 39 | De Bijbel in de beklaagdenbank (met medewerking van A.P. de Boer, W.J.J. Glashouwer & A.G. Knevel) | Hilversum: Evangelische Omroep 1981b. |
| 38 | De schepping in 't geding | Amsterdam: Buijten & Schipperheijn 1981a. |
| 37 | Die Herrlichkeit des Herrn Jesus in den vier Evangelien | Neustadt: Ernst Paulus Verlag 1980c. |
| 36 | ‘Gij zijt allen broeders’: Het Nederlands Réveil en de ‘Vergaderingen’ van de ‘Broeders’ | Vaassen: Medema 1980b. |
| 35 | Het ontstaan van de wereld (red.: W.J.J. Glashouwer) | Hilversum: Evangelische Omroep 1980a (ook in het Duits). |
| 34 | Bijbel en bijbelkritiek | Amersfoort: Stg. Bijbelgetrouwe Wetenschap 1978i. |
| 33 | Wat is het Zoonschap van Christus? | Winschoten: Uit het Woord der Waarheid 1978h(ook in het Duits en Engels). |
| 32 | Wat is het eeuwige leven? | Winschoten: Uit het Woord der Waarheid 1978g (ook in het Duits en Engels). |
| 31 | De kerk onder de loep (met J.G. Fijnvandraat & A. Maljaars) | Vaassen: Medema 1978f. |
| 30 | Der Untergang des christlichen Abendlandes | Wetzlar: Schulte & Gert 1978e. |
| 29 | De rijkdommen van de christen | Vaassen: Medema 1978d. |
| 28 | Het ontstaan van de Bijbel (red.: W.J.J. Glashouwer) | Hilversum: Evangelische Omroep 1978c (ook in het Duits). |
| 27 | Het domein van de slang: Christelijk handboek over occultisme en mysticisme | Amsterdam: Buijten & Schipperheijn 1978b. |
| 26 | Het verhaal van de ‘Broeders’, dl. 2 | Winschoten: Uit het Woord der Waarheid 1978a. |
| 25 | In den beginne... | Hilversum: Evangelische Omroep 1977e. |
| 24 | Vraag het de aarde eens | Werkgroep Chr. Boekenweekgeschenk 1977d. |
| 23 | Die Zukunft der Stadt des großen Königs | Neustadt: Paulus Verlag 1977c (zie nr. 102). |
| 22 | Jeugd in een stervende eeuw | Amsterdam: Buijten & Schipperheijn 1977b. |
| 21 | Het verhaal van de ‘Broeders’, dl. 1 | Winschoten: Uit het Woord der Waarheid 1977a. |
| 20 | Wat is rechtvaardigmaking? | Winschoten: Uit het Woord der Waarheid 1976b (ook in het Duits). |
| 19 | De ark in de branding | Amsterdam: Buijten & Schipperheijn 1976a. |
| 18 | Hat die Evolutionslehre einen wissenschaftlichen Charakter? | Schwelm: Heijkoop Verlag 1975e. |
| 17 | Wat is gezonde Bijbelstudie? | Winschoten: Uit het Woord der Waarheid 1975d. |
| 16 | Wat is de verzoening? | Winschoten: Uit het Woord der Waarheid 1975c. |
| 15 | Wat is de christelijke hoop? | Winschoten: Uit het Woord der Waarheid 1975b (ook in het Engels). |
| 14 | Operatie Supermens: Een Bijbels-biologische blik op de toekomst | Amsterdam: Buijten & Schipperheij-Groningen: De Vuurbaak 1975a. |
| 13 | Wat is de christelijke doop? | Winschoten: Uit het Woord der Waarheid 1974d (ook in het Duits). |
| 12 | Wat is het nu: schepping of evolutie? | Winschoten: Uit het Woord der Waarheid 1974c (ook in vele andere talen). |
| 11 | Wat is de uitverkiezing? | Winschoten: Uit het Woord der Waarheid 1974b (ook in het Engels). |
| 10 | Kanttekeningen bij Genesis één | Winschoten: Uit het Woord der Waarheid 1974a (ook in het Duits). |
| 9 | De brieven van Paulus aan de Filippiërs en Kolossers | Winschoten: Uit het Woord der Waarheid 1973b (ook in het Duits). |
| 8 | Het Hooglied van Salomo | Winschoten: Uit het Woord der Waarheid 1973a (ook in het Duits). |
| 7 | De Gemeente van God | Oostburg: Uitg. Pieters 1971. |
| 6 | Genetics, Morphology, and Development of Homoeotic Wing Tissue in the Eye of Drosophila melanogasterbiologisch proefschrift | Utrecht: Rijksuniversiteit 1970. |
| 5 | Leviticus: een serie bijbellezingen | Hengelo: A. Lievers z.j. |
| 4 | Wat is ‘de Vergadering’? | Winschoten: Uit het Woord der Waarheid z.j. |
| 3 | Der Levitendienst im Hause Gottes | Neustadt: Paulus Verlag z.j. |
| 2 | Het boek Esther | Alblasserdam: Stg. Boeken bij de Bijbel z.j. |
| 1 | De brief van Paulus aan Titus | Winschoten: Uit het Woord der Waarheid z.j. |
